1274 Im Liber Decimationis der Diözese Konstanz wird “Eggehartz“ erstmals urkundlich genannt als Pfarrei mit Kirche unter dem Patronat der Herren von Werdenstein. Als Stifter der Kirche gilt Heinrich von Werdenstein. Vermutlich war es eine hölzerne Kapelle. Eckarts gehört zum Herzogtum Schwaben.
1331 Hiltbrand von Werdenstein, Sohn von Heinrich von Werdenstein, stiftet einen Jahrtag.
1353 Nach dem Liber Taxationis der Diözese Konstanz gehören zur Pfarrei “Ekkartz“ 8 “Wohnungen“.
1469 Die Kapelle im Werdensteiner Schloss wird zu Ehren der Gottesmutter Maria geweiht.
1483 Über dem ehemaligen Fenster in der Ostwand des Chores sind zwei Schilde aufgezeichnet, im rechten ein Meisterzeichen, darunter die Jahreszahl  mºccccºlxxx iii  [1483].
Die Kirche wird im gotischen Stil errichtet unter Georg d. Ä. von Werdenstein (1425–1475) und seiner Gemahlin Juliana von Freiberg (geb. 1444).
(s. Allianzwappen über dem Chorbogen.)
1505 Kaiser Maximilian verleiht den Herren von Werdenstein im Dorf  “zum Egkarts“ besondere Rechte, u.a. die niedere Gerichtsbarkeit sowie die Erlaubnis, eine Taverne, eine Schmiede und eine Backstube zu errichten.
1525 Bauernkrieg. Am 14. Februar ziehen auf dem Rückweg vom Sonthofener Tag an die 200 Bauern zum Schloss in Werdenstein. Es kommt zu heftigen Auseinandersetzungen wegen der Abgaben und Frondienste. Georg d. J. von Werdenstein (1472 – 1539) flieht mit seiner Familie nach Kempten. Das Schloss wird geplündert.
Georg d. J. von Werdenstein schreibt die Werdensteiner Chronik.
1545 Errichtung einer Sakristei. Der Schlussstein über dem Eingang trägt das Allianzwappen von Heinrich von Werdenstein (1508 – 1562) und seiner Gemahlin Barbara von Hausen, seitlich die Jahreszahl 1545.
1662 Die größte, den Kirchenpatronen St. Peter und Paul gewidmete Glocke wird in Memmingen gegossen. Das Wappen zeigt die Stifter: Georg Heinrich von Werdenstein und seine Gemahlin Lucia von Stotzingen.
Ende 17. Jahrhundert bis Anfang 18. Jahrhundert Barockisierung der Kirche:
Ausrundung der Spitzbogenfenster und Einbau der Fenster in der Nordwand;
Einzug einer geputzten Holzdecke mit Kehlrahmen und Stuckgarnierung;
Aufbau marmorierter Altäre aus Holz;
Neugestaltung des Kirchturms mit achteckigem Oberbau und einer Zwiebelhaube.
1720 Vereinödung. Entstehung der Bauernhöfe am Oberdorfer Weg.
1740 Einsetzung einer Rosenkranzbruderschaft
1785 Christoph Anton von Werdenstein verkauft die Herrschaft Werdenstein mit der Kirche in Eckarts an Graf Franz Fidel von Königsegg–Rothenfels.
Die Herrschaft umfasst u.a. 9 Höfe in Eckarts, die Werdensteiner Mühle, 3 Höfe in Dietzen, 2 in Lachen, 5 in Thanners und 5 in Zellers, 40 Leibeigene und 50 Grunduntertanen.
1805 Durch den Friedensvertrag von Brünn kommt das östliche Schwaben zu Bayern. Eckarts wird bayerisch.
1807 Ein Konkordat zwischen dem Königreich Bayern und dem Heiligen Stuhl ordnet die in Bayern gelegenen Pfarreien des Bistums Konstanz, u.a. Eckarts, dem Bistum Augsburg zu.
1867 bis 1888 Neugotische und klassizistische Gestaltung der Kirche:
Holzgotik: Hochaltar, Beichtstuhl, Kniebank und Kommunionbank.
Austausch der barocken Bilder und Heiligenfiguren an den Seitenaltären;
Joseph Stehle gestaltet das Deckengemälde; Einbau der Orgel.
1909 Errichtung der zweigeschossigen Sakristei unter Verwendung der Sandsteinfassung des Sakristeieingangs von 1545.
Verlegung der Epitaphe für Georg d. J. (gest. 1539) und Pfarrer Jörg Knoller (gest. 1488) von vor dem rechten Seitenaltar an die Schrägwände des Chores. Verschließung der Gruft mit dem umgedrehten, stark abgenutzten Epitaph für Georg d. Ä. von Werdenstein (gest. 1475).
1912 Innenrenovierung durch Julius Fischer, Füssen:
Hinter den Seitenaltären werden stark beschädigte Fresken des 15. Jahrhunderts entdeckt (gemalte gotische Schreinaltäre).
1923 Dietzen kommt von der Pfarrei Niedersonthofen zur Eckartser Pfarrei.
ab 1923 Elektrifizierung von Eckarts. Ein Kronleuchter mit elektrischen Kerzen wird installiert.
1938 Innenrenovierung durch Gebr. Haugg, Ottobeuren.
Entfernung der farbigen Glasfenster;
Freilegung der Wappen und der Rankenbemalung im Chor;
Anton Hörmann, Babenhausen, errichtet den Hochaltar.
1974 Infolge der Gebietsreform kommt die Pfarrei Eckarts zum neu errichteten Dekanat Sonthofen.
1981 Bei der Innenrenovierung werden eine elektrische Bankbeheizung und eine Lautsprecheranlage installiert.
1988 Thanners und Zellers werden auf Antrag von Martinszell nach Eckarts umgepfarrt.
1989 Zum Pfarrverband Immenstadt gehören die Pfarreien Akams, Bühl, Diepolz,  Eckarts, Immenstadt, Knottenried, Missen, Rauhenzell und Stein.
1998 Gründung der Pfarreiengemeinschaft Stein mit den Pfarreien Akams, Diepolz, Eckarts, Knottenried, Missen und Stein. Das Pfarramt Stein zieht zum 1. September 2012 nach Missen um.
2003/2004 Innenrenovierung nach historischer Farbvorlage.
2012 Außenrenovierung mit Erneuerung der Schindeleindeckung auf der Zwiebelhaube.